謎のポケモン研究者ユング博士は、デジタル情報を利用してカブトプスやアルマルドのような絶滅した種を復活させる新しいミラージュ装置を開発しました。オーク教授とサトシ、そして彼らの仲間たちはユング博士から召喚を受けてミラージュ邸に到着し、装置の機能テストを観察します。ユング博士のミラージュポケモンとサトシとの対決が進む途中、装置が故障し、ミラージュアエロダクティルが現れユング博士を誘拐します。「ミラージュマスター」と名乗る人物が姿を現し、ミラージュシステムは欠点のないポケモンを完全に作り出せると宣言します。サトシ、ミズキ、オーク教授は狂人を阻止し、生存のために必死に逃げる戦いを繰り広げ、危険に直面しながら勇敢に立ち向かいます。
