伝説のポケモン・ミュウの化石を抽出することで、チームロケットは初めて実用的なポケモンクローンを作り出すことに成功した。ミュウツーと名付けられたこの人工的な生物は、起源に対して怒りを抱き、暴力的な一連の行動を起こした。すぐにチームロケットのリーダー・坂木が接近し、ミュウツーを陰険な行為へと誘導した。ミュウツーの存在は科学者たちの間で議論を呼び起こした。人間の欺瞞と自らに加えられた苦しみに恐怖を覚え、ミュウツーは社会から退き、人類に対して陰謀を企てながら自らの運命を追求した。世界は恐怖に震えた。世界最高峰のポケモントレーナーという姿を装い、ミュウツーは謎めいたライバルに挑むことを熱望する地域のトップトレーナーたちを誘い、全世界が恐怖で震える中、彼らを引き寄せた。地球規模の大災害が迫る中、名トレーナー・サトシ、タケシ、カスミはミュウツーと対峙し、人類の崩壊を防ぐために彼を討たなければならない。
