Извлекая ископаемый образ легендарного покемона Мью, команда Rocket успешно создала первый жизнеспособный клон покемонов. Обозначенный как Мьюту, это искусственно созданное существо быстро разозлилось на свои истоки и выпустило в мир яростную волну насилия. Вскоре после этого Сакаки, глава команды Rocket, подошел к нему и убедил его совершать зловещие деяния. Его существование вызвало дебаты среди ученых.
Ужасаясь человеческой обмана и страданий, причиненных ему, Мьюту отдался от общества и задумал заговор против человечества, одновременно ищя свою собственную судьбу. И мир смотрел на это в ужасе.
Приняв облик ведущего тренера покемонов мира, Мьюту заманил лучших тренеров региона, жаждущих встретиться с загадочным соперником, пока мир дрожал от страха для всех. С приближением глобальной катастрофы известные тренеры Сатоши, Такеши и Касуми должны столкнуться с Мьюту и победить его до того, как человечество рухнет.