Давным‑давно, когда Земля была направлена к столкновению с метеором, легендарный покемон Арсеус использовал свою силу, чтобы остановить катастрофу. Это действие рассеяло шестнадцать Пластин, окружающих его, разбросав их по всему миру. Оставшись без жизненной энергии Пластин, Арсеус начал увядать; его светящийся блеск исчезал, а земля вокруг него становилась бесплодной. Мужчина по имени Деймон нашёл одну из Пластин и вернул её, оживив умирающего покемона. В благодарность Арсеус выковал Жемчужину Жизни и доверил её гражданам города Мичина, требуя вернуть ее. Горожане отвергли это условие и удержали Жемчужину для себя, опасаясь её силы и скрывая ее. Во время последующего столкновения Деймон был убит, а Арсеус погрузился в глубокий сон, поклявшись нанести удар по человечеству, когда оно проснётся.
Сатоши и его союзники прибывают в город Мичина, где они встречают Шину, потомка Деймона. Она утверждает, что держит Жемчужину Жизни и клянётся охранять её до тех пор, пока Арсеус не будет умиротворён, планируя вернуть её, когда легендарный покемон пробудится.
Однако, даже с усилиями Шины, Арсеус остаётся недоволен. Его ярость продолжает распространяться сквозь время, искажая реальность и вызывая легендарный трио — Диалгу, Палкию и Гиратину, нарушая равновесие планеты и угрожая разрушить баланс мира. Сатоши теперь должен предотвратить уничтожение всех людей.