昔、地球が隕石衝突の危機に瀕したとき、伝説のポケモン・アーケウスはその力で災害を止めた。その行為により、アーケウスを取り囲む16枚のプレートが散乱し、世界中に飛び散った。プレートの生命燃料を奪われたアーケウスは枯れ始め、光輝が消え、周囲の土地は荒廃した。ダーモンという名の男がプレートの一枚を見つけて戻し、死にかけたポケモンを復活させた。感謝の印として、アーケウスは生命の宝石を鍛え、それをミチナ町の住民に託し、返還を要求した。町人はその条件を拒否し、宝石を自分たちのものとして保持した。力を恐れ、秘密にしていた。結果として起きた衝突でダーモンは殺され、アーケウスは深い眠りに落ち、人類が目覚めたときに襲撃することを誓った。
サトシと仲間たちはミチナ町に到着し、ダーモンの子孫であるシーナと出会う。彼女は生命の宝石を保有していると主張し、アーケウスが鎮静化されるまでそれを守り続けると誓い、伝説のポケモンが目覚めたら宝石を返す計画だ。
しかし、シーナの努力にもかかわらず、アーケウスはまだ不満を抱えている。彼の怒りは時間を超えて波紋を広げ、現実を歪め、伝説の三兄弟—ディアルガ・パルキア・ギラティナ—を挑発し、地球の均衡を乱している。世界のバランスが崩れ去る危険がある。サトシは今、人類全体の絶滅を防ぐ必要がある。
