明治維新と呼ばれる内戦は終結した。日本では西洋式の改革が全面的に進められている。将軍制度は消え、議会と政府が設立され、侍たちはヨーロッパ風の服を着るようになり、農民は苗字を与えられ、商業と起業家精神が花開く。しかし、幕末の秘密戦争の英雄は、誰にも認識されずに国中を善良な庶民の姿でさまよい、困っている人々を助け、何も返礼しない。そう、ヒムラ・ケンシンは偉大な剣術師であり、無理やり殺人者になった過去を贖い、傷ついた魂に平和を見出そうとしている。短い休息の中、ケンシンは旧江戸・東京でカオル・カミヤという若い家主を救う。徐々に、カミヤの道場には温かな旅人と不運な者たちが集まる――カオル、ケンシン、傭兵サノスケ、そして孤児ヤヒコ。だが、楽しい冒険とユーモラスな喧嘩で満ちた平穏な生活は長く続かなかった。過去はどこにも消えず、多くの人が血を流すことでしか洗い清められないと考えているからだ…