ポケモンは、数え切れない形と大きさで現れる驚くべき存在であり、各々が独自の能力・力・性格を備えています。その多様性は、羽のように軽い小さなスプライトから、畏怖を抱かせる巨大な巨人まで幅広いです。大木戸 幸成博士は、捕獲・訓練・取引・対戦が可能なこれらの生物を研究することにキャリアを捧げてきました。しかし、彼の実験室には限界があるため、二人の若い見習いにそれぞれポケモンを与え、デジタル百科事典で記録させます。グリーンは大胆で熱心、少し高慢な性格の大木戸の甥です。レッドは同じくらい熱心で、広い目を持つ好奇心と優しい素朴さを備えています。
『ポケモン：オリジン』は、レッドがカントーを横断しながらポケモン図鑑を埋めるためにすべての種を捕獲・記録する旅を追います。途中で、彼は単なるチェックリスト以上の野心があることを学びます。また、知恵を授けるメンターに出会い、自らの決意を試す試練にも直面します。彼は自分とパートナーを、ポケモンリーグへ進む次の段階を示すリーダーが監督するジムで試します。これらのチャンピオンとエリートフォーを倒すことでのみ、リーグチャンピオンの称号を手に入れることができます。
栄光への探求を超えて、レッドは闇の勢力に直面します。影のシンジケート――チームロケットは、悪意ある目的でポケモンを狩る者の一団です。レッドがライバルトレーナーと遭遇するたびに、各自の哲学や戦略が対立し、賭けは高まります。レッドがこの脅威を克服し、ライバルグリーンやカントーで出会う野生トレーナーとともに、彼自身の夢だけでなく大木戸博士のビジョンも実現できるかもしれません。成功すれば、彼の名は地域中に響くでしょう。
