関東地方の爽やかな日、サトシは大木戸雪成教授から桜木教授のバーミリオン市での研究室開設式に招待される。歓迎の挨拶を行っている間、桜木教授はバーミリオン市港で稀にしか見られないポケモンの目撃情報を受け取り、サトシと他の訓練家たちは謎めいた生き物を探すために水辺へと急ぐ。埠頭で、彼らは伝説のポケモンルギアと他の訓練家たちとの戦いに遭遇する。相手の戦術を観察し、サトシはピカチュウにルギアへ雷鳴を放つよう命じる。ルギアは動じず後退するが、消える前にサトシは大胆にもその背中に乗る。驚くべきことに、ゴウという名の少年もルギアの背中へ飛び乗る。二人はルギアに背負われ、海を越える壮大な旅へと乗り出す。ルギアがやっと彼らを陸に戻すと、サトシとゴウはその生き物に別れを告げ、桜木研究所へ戻る。桜木教授はゴウの発見とサトシの洞察力を称え、二人に新たな研究協力者として参加するよう招待する。こうして彼らの遠征が始まり、数多くの地域を巡りながら新たなポケモンに出会う―ギガマックス化できるポケモンも含めて。
