2020年、テクノロジーは地球の隅々まで浸透した。すべてのデジタル機器は、世界中にデータを運ぶ巨大なネットワークで結ばれていた。人々の目には見えないそのネットワークは、デジモンと呼ばれる生物の住処となっていた。
物語は、夏休みキャンプに向けて準備をしている5年生の八神太一を追う。東京で奇妙な不具合が頻発し、複数の電子システムが故障を始める。彼は妹と母親が脱走列車に乗り込んでいることを知り、最寄り駅へ急ぐ。すると突然、太一は別の領域に連れ去られ、名前をすでに知っている不思議な獣「アグモン」と出会う。太一はまた、非デジタル世界と交流できる不思議なガジェット「ディギバイス」を手に入れる。
太一は自分がネットワークの中にいることを悟り、ウイルスのようなデジモンが東京の電子インフラを支えるセクターを襲撃していることに気付く。彼と新たな仲間アグモンは、世界全体がいたずら好きなデジモンから危険にさらされる前に、これらのサイバー攻撃を止めなければならない。
