桃木芽衣子の失望に、彼女のデジモン仲間メイコオムは変身を余儀なくされ、変化の途中で邪悪な影響に屈してメイクラックモンへと変わってしまう。メイクラックモンが消えて他所で混乱を引き起こすと、デジタルワールド自体が芽衣子と他の選ばれし者たちを拒絶し始めるように見える。数多くの敵をかわしながら、パーティは帰路へと戻る道を切り開こうと奮闘する。彼らの旅は危険に満ちており、見えない脅威があらゆる角で潜んでいる。人間界では、謎めいた力「ホメオスタシス」の使者が、芽衣子の父親と統合行政機関の西島大吾に接触し、メイコオムの起源について話をする。使者はホメオスタシスがデジタル獣を破壊し、人間界にさらに多くのデジモンが現れることを止める意図があると告げ、選ばれし者たちの感情に関係なくその計画を実行することを示す。
