「ホログラムゴースト」と呼ばれる神秘的な存在の報告が、数年にわたりソーシャルメディアで人気の話題となっている。流布されている噂によれば、多くの人々がこれらの捉えにくい幻影に遭遇し、生き残った人々はその姿をちらつきやグリッチのようなホログラムと語っている。
葉桜学院の中学生、天野川大輝はこれらの話を都市伝説に過ぎないと軽視している。しかし、事件頻度が増すにつれ、彼は父親が突然消えた日の記憶を離せない。残されたのは奇妙なデジタル時計だけで、失われたものの唯一の残像に過ぎない。ほかの目撃例と同様、父親が消えた状況は従来の説明を超えている。
ある日、同級生がホログラムゴーストに突然襲われたとき、大輝と友人の東三太郎 清志郎はこの現象を調査することにした。大輝が知らないうちに、この調査は彼らの初めての一歩となり、今まで人類から隠されてきた危険な世界を現実の影に潜む形で明らかにする鍵となるだろう。
