選ばれた子どもたちは、最近彼らの陣営に加わったデジタルクリーチャー・メイコモンとその人間味方である桃月芽衣子の裏切りに衝撃を受けている。
井上公四郎は、メイコモンを支配した病気の診断に取り組んでいる。
同時に、高石武樹は自分のパートナー・パタモンが、メイコモンのような他の感染したディギモンで見られる恐ろしい兆候を示し始めていることに気付く。
突然、選ばれた子どもたちは謎めいた力「ホメオスタシス」からの通信を受け取り、彼らの世界が差し迫った破滅に直面していること―そしてディギモンの故郷であるデジタルワールドも同様だ―と警告される。
ホメオスタシスは「リブート」を起動し、デジタルワールドを構成するすべてのデータを書き換え、感染を消し去ろうとしている。
しかしこのリブートは、子どもたちのパートナーを含むすべてのディギモンの記憶も消去してしまう。
選ばれた子どもたちは、リブートが避けられなくなる前にメイコモンを止めることができるのか、それともこの出来事が彼らと愛するディギモンとの共通の旅の終わりを告げるのか。
