腐敗したデジモン――野性味を帯び、奇妙な力の急上昇を見せ始めたデジタル存在――が物理界へ侵入している。謎多き株式会社行政機関の工作員である姫川マキと西島大吾は、これら不穏な侵入の詳細を解明しようと奔走する一方で、選ばれた子どもたちの大半は月島総合高校の夏祭り準備に追われている。
米国で数年を過ごした後、帰国したばかりのタチカワミミは、仲間や選ばれた子どもたちの中で落ち着くことが難しいと感じている。同時に、学業に没頭するジョウキドはデジモンの問題を意図的に避け、パートナーのゴマモンが逃げ出す原因となった。ミミとジョウのそれぞれの選択は、腐敗したデジモンの脅威が迫る中でサークル内に緊張を生み出す。彼らは個人的な争いを早期に解決し、増大する混乱の中で新たな危険に立ち向かう友人を助けることができるだろうか？
