デジタルワールドへの入口は3年間閉鎖されている。八神大地と彼の仲間たちは進んでおり、今や二年生になった大地は成長する時期に差し掛かった。周囲の皆が将来の道を決めている中、大地はまだ迷っている。かつて冒険の夢を共有していたが、今ではそれぞれ別々の道を選び、友人たちは異なる方向へ進むうちに離れていった。
ある日、昆虫型のデジモン「クワガマモン」が現れ、街の電子機器を混乱に陥れる。大地は衝動的に追いかけるが、結局その生物に捕まってしまう。突然彼のデジバイス――仲間を呼び寄せ、潜在能力を解放し、デジモンパートナーの進化を助ける万能機器――が光り、アグモンが現れる。二人でクワガマモンを倒すが、デジモンはなぜこの世界に入り込んだのか？ デジタルワールドで何が起きているのか、そしてそれは大地のクラスに転校してきた新入生・桃月芽衣子とどう結びつくのか？ より多くの手がかりが浮上するにつれ、謎は深まる。
