選ばれし子たちとそのデジモン仲間は、人間界で満足のいく生活を送っている一方、八神太一、石田大和とその仲間たちは得られた脆弱な調和を守ることに専念している。共通の義務に縛られながらも、彼らはすでに選ばれし子という称号を超える運命へと踏み出し始めている。この新たな道は、デジモン研究のアメリカ人学者メノア・ベルウッチが衝撃的なニュースを持って到着したときに止まる。世界中で数人の選ばれし子が昏睡状態に陥り、彼らのデジモンパートナーが行方不明になっている。彼女の研究は、インターネットの深層に潜む新種デジモン「エオスマン」を指摘している。任務を成功させるためには、彼らは広がるギャップを埋め合い、再び団結しなければならない。古くからの対立が再燃し、未来に向けて信頼を再構築する必要がある中で、その決意は試される。
