デジタルワールドは闘争に包まれている。邪悪なバグラ軍が伝説のコードクローンの破片を集めようとする。108枚すべてを組み立てた者はこの領域の支配者となる。無慈悲なデジモン派閥、バグラ軍はクローンを追い求め、終わりのない戦争であらゆる場所に現れる。
『デジモンXros Wars』は、サッカーが好きで困っている人をいつも助ける中学生の工藤大輝が主人公です。彼は友人の日向アカリと剣城善二郎と一緒に過ごしている時、絶望的な叫び声を聞きます。音を追って、大輝は狭い路地に倒れた重傷のデジモン・ショウトモンと出会います。奇妙な装置「Xros Loader」の力を借りて、大輝はショウトモンを蘇らせますが、その行為で彼と仲間たちはデジタルワールドへ直接引き込まれます。彼らは危険な領域を進み、隠された真実を明らかにしなければならない。
邪悪なバグラ軍に勝たせないため、大輝と仲間はショウトモンや他の地元デジモンと力を合わせ、Xros Heartという連合を結成します。その集団はデジタルワールドを横断し、コードクローンの破片を集めながらバグラ軍と戦い続けます。しかし、大輝と仲間はこのモンスター戦争に巻き込まれた唯一の人間ではありません。多くの他者も同様に危険な試練を共に経験しています。
