「デジモンXrosウォーズ：時を刻む少年ハンターたち」は、バグラモンとその仲間が倒された一年後の物語です。その時から、工藤大輝と安野優は、優のクラスメイトである足利タギルと共にバスケットボールチームを結成しています。ある日、タギルは「デジクォーツ」と呼ばれる奇妙なゾーンを発見します。これは、人間界とデジタル界の間に存在する不安定な領域です。彼はすぐに、世界中の子どもたちがXrosローダーとデジモンパートナーを手に入れ、「デジモンハント」と呼ばれる大会に参加していることを知ります。
デジタル界からデジクォーツへ漂い込むデジモンは、人間世界から漏れ出るネガティブな感情を吸収して成長します。この栄養は彼らを強化しますが、極端な攻撃性という代償があります。したがって、デジモンハンターはこれらの生物が地球を破壊するのを防ぐために介入しなければなりません。いたずら好きのグムドラモンに同行して、タギルは最高のデジモンハンターになることを目指しますが、工藤と優の過去のデジモン関係には気づいていません。ところが、デジクォーツの創造とともに闇の存在が現れ、若きハンターたちはデジモンハントが単なるゲーム以上のものであることをすぐに悟ります。試練と絆を通じて、彼らは勇気と共感が最も凶暴なデジモンでさえ鎮めることができると知ります。
