ローマーニャへのネウロイ侵入を撃退し、ヴェネツィア上空の敵要塞を破壊した後、宮藤よしかは扶蘇帝国内の故郷へ戻る。魔法と治癒力を失ったものの、501連合戦闘機隊の元将校は医学研究を志すことに決めた。彼女の目標は、民間人であれ前線の兵士であれ、苦しむ者を助けることである。著名な欧州アカデミーから招待状が届き、彼女はそれを受け入れ、再び荒廃した大陸へと旅立つ。
しかし、新たな脅威が現れる。ネウロイの数が増え、人間防衛を突破し、確保されたとされるゾーンに潜入してヨーロッパの力均衡を乱す。よしかの任務は、ストライカー部隊を指揮できないという彼女自身の限界と衝突するが、友人たちが危険にさらされているため、唯一の実行可能な道しかないようだ。
