中世XX世紀のような発展を遂げた平行地球に、神秘的な侵略者―ネウロイが現れた。彼らの攻撃は国を破壊し、通常の地球兵器は宇宙人に対して無力だった。救いは科学と魔法の連合から「突撃魔女」という形で訪れた。若い少女たちが魔法の力を授かり、二重魔女ブーツと戦闘機を組み合わせたハイブリッドを使って戦った。最近の敵国は結集し、最高の者たちを伝説的な501連合戦闘隊に送り込み、イギリスの戦いで勝利し、西ヨーロッパをネウロイから解放した。半年が過ぎた。主人公のヨシカ・ミヤフジは故郷である扶蘇帝国へ戻り、中学校を卒業し、家族のクリニックで治癒者としてのキャリアに備えた。そこで彼女は運命の新たな展開を迎える：長らく行方不明だった父親からの手紙と、南ヨーロッパで起きたネウロイの第二次攻撃に関する情報。平和主義者であるヨシカは再び奉仕へ戻らなければならず、旧友たちとともに愛する惑星を守り、父親の失踪の謎を解き明かす。そしてネウロイとももう仲良くなろうとする。
