2019年、人類は人工知能を備え、パイロットと高度に同期する戦闘ロボット「マキナ」の問題を解決しようとしている。時折、こうしたメカは近地軌道からやって来る。訪れた「客」を迎え、重大な損傷を防ぐためにジュダ社が存在する。しかしある日、「ラインバレル」というメカを無力化する作戦中に、予期せぬ軌道逸脱が起きた。同じ日、平井中学校3年生の小太に空から裸の少女と巨大ロボットが降りてくる――昨日まで性格のない不運者で、ただ「正義の守護者」になりたいと夢見るだけだった彼は、特殊部隊、自衛隊、そして戦犯カト・キカンが関与する秘密の戦争に巻き込まれる。小太は超自然的な能力を得て、ラインバレルを呼び寄せ、この謎のメカのパイロットとなる。若者は幸せで、彼の人生が永遠に変わったことをまだ知らない。ラインバレルとともに現れた少女は小太の家に残り、名前と戦うべきということ以外、自分について何も覚えていない。一方、カト・キカンの悪党たちはラインバレルを奪おうと試み続け、ジュダの「マキナ」がそれに対抗する。
