ある平行世界の1939年、地球に現れたネヴロイ――魂を持たない空中戦闘機で、死と破壊だけを撒く存在。世界大戦の瀬戸際にいた二つのブロックの国々は、未知なる侵略者に対抗するため急いで結束した。ところが? 20世紀中頃の従来兵器は、飛行機群や海軍艦隊、陸軍を含めてネヴロイに対しては無力で、すべてが消滅してしまう。ネヴロイに対抗できるのは、科学と魔法が融合した奇跡的な武器――二つに分かれた魔女のステップと戦闘機を合わせたハイブリッドに過ぎない。使用できるのは、当然ながら魔法の力を持つ若い少女たちだけで、彼女たちは世界中から地球最後の砦―ラ・マンション海峡にある岩山島へと集まる。ちなみに、武器は身体との密接な接触を必要とするため、「突撃魔女団」の定番装備はコートと…パンティーだ! アニメは、魔女団がネヴロイと戦う厳しい日常、女性集団内の複雑な人間関係を描き、初期エピソードでは新人の14歳ヨシカ・ミヤフジ(福島諸島帝国出身)が加わる。平和主義者のヨシカは、癒しを主な才能とするが、次第に誰も戦いから手を引けないことを悟る。興味深いのは、11人の「突撃魔女団」ヒロインの国籍・性格・能力は、第二次世界大戦の最高空中戦闘機を実際にモデルにしているという点だ。