1939年、起源が謎に包まれた異星人の戦闘機械「ネウロイ」の大規模侵攻に続き、世界は荒廃した。人類は不均衡な戦いの中で生存をかけて苦闘した。従来兵器は侵略者の貫通不可能な装甲に対して無効であることが判明した。これに対し、抵抗勢力は決定的な優位を見つけるために資源を投入した。画期的な突破口は、若い少女の内在する魔法的能力を引き出し、彼女たちを強力な兵器へと変える高度な装置「ストライカー・ユニット」の創造により実現した。世界中の女性が集結し、人類を守るために戦う――彼女たちはウィッチと呼ばれる。501連合戦闘隊、別名ストライクウィッチは、この致命的な闘いの最前線を指揮する。
