将来の時代に、地球人口が増大するにつれ、人類は「サイド」と呼ばれるクラスターに配置された巨大な軌道居住地を建設する。特権階級の少数がほとんどの人々を宇宙へ押し出す中、反発が高まる。ユニバーサル・センチュリー0079年、クラスターサイド3は自らをゼオン公国と宣言し、地球連邦に対して分離独立戦争を開始する。連邦の資源のほんの一部しか持たないにもかかわらず、ゼオンは巨大なヒューマノイドメカ「モビルスーツ」を投入して迅速に優位を確立する。ゼオンのトップパイロットの一人は「レッド・コメット」と呼ばれる影のマスクをかぶった人物、シャア・アズナブルである。彼の部隊がサイド7で連邦の初期プロトタイプモビルスーツ「ガンダム」に遭遇すると、彼らは野蛮な攻撃を仕掛ける。プロトタイプの創設者の息子であるアムロ・レイはガンダムを操縦し、ゼオンの猛攻撃を退ける。シャアと直接対峙した際、アムロは連邦船に乗ってコロニーから逃げることを余儀なくされる。
