昔、シャドウエンジェルズと呼ばれる種族が地球を侵略し、住民の生命力をすべて吸い取ることを目的としていた。彼らは暗黒の船団で到着し、各船には生きとし生けるものから活力を吸い取るオーラが宿っていた。彼らの存在は大陸を越えて感じられ、空が暗くなり作物が枯れるといった現象が起こった。奇跡的な展開で彼らは休眠状態に陥り、人類にさらに1万2000年の平和を与えた。しかし、ホーリー・ジェネシスと呼ばれる災害で惑星が壊滅した11年後、シャドウエンジェルズは眠りから覚め、新たな攻撃を開始した。人類に戦うチャンスを与えるため、DEAVAという機関が設立され、アクアリオンと呼ばれるメカの配備が承認された。アクアリオンを最大限に発揮させるには、3人のパイロットが心・体・精神を一つに融合させる必要があり、これは数少ない者だけが達成できる課題である。したがって、「エレメントユーザー」と呼ばれる者を探すことが人類の生存を確保する最優先事項となった。『結晶のアクアリオン』は、ほぼ野蛮な青年アポロを描く。彼は貧困の中で育ち、伝説的な救世主の転生と考えられている。最も親しい仲間がシャドウエンジェルズに捕らえられた後、アポロはアクアリオンのパイロットになることを決意する。彼は戦局をひっくり返し、人類をシャドウエンジェルズから永遠に解放することができるのだろうか？
