シュブ珊瑚で作られた仮想領域の奥深く――ユーレカが設計した知的な珊瑚に似た生態系――に、かつて住民が繁栄していた。10年前にシミュレーションが崩壊したとき、彼らは地球へ現れ、その大災害以来「グリーンアース」と自称し、地元の人間は「ブルーアース」と呼んでいる。表面下では、二つの派閥間で繰り返し小競り合いが起きている。この混乱の中、グリーンアース軍の上官であるデューイ・ノヴァクは仲間を鼓舞し、名誉を守るために大規模なテロキャンペーンを指揮する。
世界中で混乱の設計者として非難されるユーレカは、国連ACID（A.C.I.D.）戦闘機隊とともに武装し、世界平和の回復を使命とした贖罪の道を歩む。ある日、彼女はイリス――若き「ユーレカ」であり、スクラブ珊瑚を操る力を持つ者――を守るよう指示を受ける。最初の衝突は、二人が一人で逃げるうちに相互理解へと変わる。やがて地球を脅かす危機が迫り、ユーレカは全力で決意を固めて宣言する。「イリスとこの世界を守る」と。彼女がその誓いを果たすとき、どんな運命が待っているだろうか。
