バビロン計画は、東京の地区を大規模に再編成し、湾内に人工島を建設することで特徴づけられます。労働専用に作られた自律型機械「ラボア」を投入することで、デザイナーや建設者は再生の進行を加速させます。計画の中心人物である建築家が疑問を呼ぶ自殺後に死亡したことが発覚すると、後藤喜一大尉のパトラボ隊が奇妙な事件を解明する任務を負います。複数のラボアが故障し、腐敗したAIが東京市民を脅かす中、新人フライヤーの泉乃愛と彼女のパトラボ・アルフォンセは、後藤大尉の指示に従い、都市と国を巨大で黙示録的な陰謀から守ります。調査は隠された動機、企業の貪欲さ、そして都市の運命を永遠に変える可能性がある古代予言を明らかにし、今日、賑やかな通りの中心でその影響が示されます。
