バビロン計画陰謀が解決された三年後、五藤喜一のパトラボユニットのメンバーは散り散りになった。五藤は部隊に残り、恋愛対象であり同盟者でもある長雲忍が加わる。
日本の陸上自衛隊への世間の不信を利用し、秘密裏にテロリスト組織が軍隊へ潜入して全国的な破壊と市民混乱を引き起こそうとしている。忍は、このエスカレートする陰謀の黒幕が、影で事を操っていた元師匠で恋人でもあった塚江幸仁だと知る。
五藤はかつてのパトラボチームを再結成し、パイロットの泉乃亜が率いる。チームを率いて塚江を逮捕する任務へと導く中、忍は複雑な過去の関係を受け入れ、日本を救うために立ち向かわなければならない。
