人類の残党は闇の天使に破壊された地球を離れ、新たな世界と空間へ散らばった。第一シーズンの出来事から12,000年後、ベガ星での生活は静かに父権的に流れ、現代技術は舞台裏に隠され、外界ではまるで再び20世紀のようだ。残念ながらイデリアは別次元からの侵略で終わりを迎えた。アルテア星から来た巨大な自動集積機械が毎年最も美しく健康なベガ人を誘拐している。星の守護者は過去の遺産である戦闘機械・ベクターにしか頼れず、普通の集積機には対処できるが彼らを覆うアルテア人の戦士に対しては無力だ。まさにそんな混乱の中、孤児アマタ・ソラと貴族ミコノ・スズシロが古い映画館で出会ったばかりだった。死の危機に瀕した両者が戦いの熱狂で恐怖を振り切り、アマタは幼少期から持っていた飛翔の力を解放した。すぐに煙と埃の雲から厳格な巨人アクワリオンが立ち上がった。こうして昨日の孤児はネオ・ディヴァ組織と「エレメント」の仲間入りを果たしベガに希望がもたらされた。しかしなぜアルテアではアクワリオンの復活をより喜んだのか？ アマタの根源、彼がどのような化身なのか？ 紛争には合理的解決策があるのか、それとも各側に真実があるのか？ その答えは古い神話を新たに読むことでしか得られない。
