アヤト・カミナは、彼が崇拝していた少女、三島遥から引き離されました。東京以外のすべてを消滅させたように見える大災害が発生したときです。三年後、都市は突然侵略者に包囲されました。その瞬間、彼はテラの作戦員・四刀遥に出会い、世界の隠された真実を明らかにすると約束されます。これが奇妙な出来事の連鎖の始まりを示します：彼は巨大メカ・ラフゼフォンを起動し、多くの人々――自分の母親も含めて――が青い血を持っていることを知り、彼自身が都市の壁内にある隠れたエンクレーブで時間が外側よりもゆっくり流れる自己完結型の領域に住んでいたことを学びます。そこでは過去と未来が交錯します。
