U.C. 0097、ラプラスの箱が公開されてから一年後。
ユニバーサル・センチュリーチャーターは現在ニュータイプとその権利を認めているものの、世界構造は大きく変わっておらず、今日も緊張が続いている。
後にラプラス事件と呼ばれた衝突は、ネオ・ゼオンの残党であるSleevesが崩壊したことで終結したと考えられている。
最終交戦では、二機の完全なサイコフレームモビルスーツが人間の理解を超える力を解き放った。
白いユニコーンと黒いライオンは、この脅威を公衆の記憶から消すために封印された。戦争の傷跡は残り続けているが、今や完全に忘れ去られるべきだ。
しかし、二年前に失われたRX‑0ユニコーンガンダム03は、地球圏に再登場し、再び現状を挑戦する準備ができている。
黄金のフェニックス…フェネクス。