ユニバーサル・センチュリー153年、抑圧的なザンスカー領主国は地球の届かない軌道上にあるコロニー・サイド2を掌握した。消滅したゼオン公国と新たなクロスボーン・ヴァンガードを彷徨わせるように、ザンスカーは人々を残虐に支配し、公共の絞首刑として巨大なギロチンを頻繁に使用してコロニーの住民に恐怖を与えている。
中央ヨーロッパに居住する元コロニスト・ウーソー・エインは、地球連邦がザンスカーに対抗できなかったことに失望した民間民兵団「リーグ・ミリタール」に入隊する。ウーソーの眠っていたサイキック・ニュータイプ能力が覚醒し、彼は勝利ガンダムを操縦できるようになる。勝利ガンダムはザンスカーのエリートBESPA部隊を撃退できる唯一のモビルスーツであり、ウーソーはすぐに抑圧された人々の希望の象徴となる。
最愛の仲間シャクティ・カリーンを守り、連邦内で親を探す決意を胸に、ウーソーは勝利ガンダムで戦い続ける。各戦闘が彼を目的へと近づけ、帝国の暴政を打倒しサイド2に自由を取り戻すことで、人々の未来に希望をもたらす。
