ユニバーサルセントリー 0088 年、アンチ・アース・ユニオン・グループ（AEUG）は地球連邦のタイタンと対峙し、勝利を収めたが、その代償は甚大だった。かつてアクシス・ゼオンと呼ばれたネオ・ゼオンは、第三次戦争の派閥として以前と同様に強大である。ニュータイプ・ハマン・カーンの指導下、ネオ・ゼオンは地球とその軌道植民地を掌握しようと企む。
AEUGの旗艦アルガマは、サイド・ワンコロニー シャングリラへ修理に向かう。そこには、14歳のスクレイパー・ジュダウ・アシュタが住んでおり、妹を学校に通わせるために十分なお金を稼ぐのに苦労している。彼らが逃走ポッドを発見し、そこにタイタンの元パイロットが収容されていることを知ると、ジュダウと仲間たちはアルガマへ急ぎ、売価の高いモビルスーツを盗み取ろうとする。しかし、ネオ・ゼオンの船がアルガマを破壊しようと到着すると、ジュダウと友人たちは戦闘に巻き込まれ、宇宙を横断し地球へ戻る旅に追い込まれる。彼らの旅は、戦争の厳しい現実に直面させると同時に、人類の散在する前哨基地に残る希望を再び抱かせる。
