ユニバーサル・センチュリー0096年、チャー・アズナブルが人類を宇宙へ強制しようとした失敗から三年後、地球周辺の軌道植民地で生活は続いている。そのような定住地の一つ、サイド4には、クラスメートの中で自分を閉じ込める十六歳のバナッガー・リンクスが住んでいる。
かつて恐れられていた王朝の唯一の相続人、オードリー・バーンは、レジェンダリーデバイス「ラプラスの箱」の鍵を奪うことを決意する。伝説によれば、その箱は現実の織物さえも操ることができるとされ、彼女は現在の所有者からそれを奪い取り、チャー・アズナブルのネオ・ゼオンの生存者であるスリーブズが手に入れないようサイド4へ旅立つ。彼女の動機は、その力を人間の手に渡さないことだ。探求の途中で彼女はバナッガーと出会い、彼の運命を永遠に変えてしまう。
サイド4がスリーブズとその有名な戦士マリダ・クルーズ、フル・フロントに攻撃されると、バナッガーは新たに鍛えられたガンダム・ユニコーンを乗っ取り、友人を守り、人類の未来を保護する。戦いは彼の決意を試し、彼自身の血統の遺産に直面させる。
