「笑う男」の調査が終了した後、デジタル脆弱性に悩む日本は、サイバーテロの継続的な脅威に対抗するため、新しく選出された首相、カヤブキ・ユウコが第9課を再活性化した。
「個人十一」と自称する派閥が日本全国でテロ攻撃を開始した。第9課の草薙もと、荒巻大輔、バトーらがこの新たな脅威を調査する一方で、政府は別の緊急事態に直面している。第三次世界大戦から逃れた難民が日本へ避難を求めて到着しているのだ。ところが、特殊作戦隊が追跡中にゴウダ・カズンド（内閣情報部の上級職員）と対峙するたびに、彼が共犯者である可能性や、難民の流入と「個人十一」が思ったよりも密接に結びついていることを疑い始め、緊張が高まり、国民の恐怖も増大している。
