2027年、第四次非核戦争が終結してから一年後にアニメの物語は展開する。ニュー・ポートシティは回復期にあるが、自己発進式の地雷が爆発し、壊滅的な爆撃を引き起こして街は荒廃する。この災害の直後、密かな武器売買賄賂に関与していた軍人が射殺され、緊迫した捜査が始まる。捜査中、公安部門のエージェント・荒巻大輔は軍の501機密ユニットでハッカーとして勤務する草薙もとこに出会う。バトウは「いつも見ている」目で知られ、眠らないとされるが、自分自身を納得させて草薙が爆発を計画したと信じる。同時に、仁和町警察の探偵戸田は二つの事件を抱えている：軍人射殺事件と売春婦殺害事件。草薙自身はユニット司令官黒津と他のサイボーグエージェントによって厳しく監視されている。
