アベルの世界では、人間とアンドロイドが共存している。ある日、貨物船に乗った影のヒッチハイカーが惑星に潜入しようとするが、アポロ(一原隼人)というヒューマノイドロボットと、機械に似た人物ミカル(宇藤綾)によって捕らえられる。侵入者は最新のステルスファームウェアを満載したデータチップ、謎めいた「Cipher」オペレーティングシステムを携えている。アポロはそのチップを楽しみのために奪い取るが、持つ危険性に気付かない。やがて彼の行動は奇妙になり、ミカルは根本的な原因に気付かない。実際のCipherとは何なのだろう? どんな秘密を隠しているのか? アポロとミカルは、歴史・現在・未来にわたるパズルを組み立て、その真実を明らかにする。調査は、都市の遺産を深く守る守護者たちを明らかにする。