2045年。地球上のすべての国を揺るがせたグローバル同時デフォルト――経済崩壊と人工知能の急速な台頭を同時に経験した結果、人類は永続的戦争へと突き進んだ。この近未来の時代において、景気後退はまだ一般人がAIがもたらす存在的脅威を実感するほどには達していない。
ポストヒューマン――高度なサイバネティック増強を統合した個人は社会に脅威をもたらす。ポストヒューマンによって犯されたサイバー犯罪に対処するため、義肢サイボーグ草薙モトコが指揮する公共安全第9課は、以前の戦争で荒廃した東京へと派遣される。そこで彼らは自称「N」の難民集団と敵対的な米軍特殊部隊に遭遇する。第9課の任務はサイバー脅威を中和し、都市に秩序を回復することである。
ハイジャックされた潜水艦が引き起こす核戦争の危険性が高まるにつれ、公共安全第9課、米国、ポストヒューマンの三者間での闘いが激化する。
