近未来において、人類は有機組織からサイバネティック・シャーシへの完全な身体移植が実現可能となるというマイルストーンを達成した。この進歩により、身体的およびデジタルの能力が両方とも強化され、肉体と機械の境界が曖昧になった。しかし、犯罪者はこの技術を利用して、新たなしばしば致命的な犯行を実行する。これらの進化する脅威に対抗するため、日本政府は高度に機密性の高いサイバー犯罪事件を扱うことに特化した自治警察部隊「セクション9」を設立した。大作樹 大輔と草薙 もとこというリーダーの下、セクション9は社会全体にわたる犯罪を顕著な成功で対処している。しかし、新たなAクラスハッカー「ラフニングマン」が登場すると、チームは危険な猫と鼠の追跡に巻き込まれる。彼らは日本中に不吉な痕跡を残す彼のデジタルトレイルを追い、ユニットは戦術を適応させ、他機関と協力することを余儀なくされる。絶え間ない追跡は、先進的なボディテックとサイバー犯罪の曖昧な脅威から社会を守るセクション9の献身を強調する。2035年以降、セクション9は従来の管轄外で運営されており、展開と捜査を可能にしている。彼らの作戦は、身体交換技術を利用して法執行機関から逃れたシンジケートを解体した。ラフニングマンのキャンペーンは金融機関を標的にし、生体認証データとインプラントソフトウェアを操作して資金を横領する。追跡が激化する中、大作樹と草薙は、現代の都市で運用機密を維持しつつ圧力を乗り越えなければならない。
