В недалеком будущем человечество достигло рубежа, когда полностью пересаживать тело из органической ткани в кибернетический каркас стало возможным. Это достижение усиливает как физические, так и цифровые возможности, стирая границу между плотью и машиной. Однако преступники используют эту технологию для совершения новых, часто смертельных правонарушений. Чтобы противостоять этим развивающимся угрозам, японское правительство создало Секцию 9 – автономный полицейский подразделение, посвященное работе с высоко чувствительными киберпреступлениями.
Под руководством Дайсуке Арамаки и Мотоко Кусанаги Секция 9 успешно решает преступления по всему социальному спектру. Но когда появляется новый хакер класса А, известный как "Смеющийся Человек", команда погружается в опасную игру "кошки и мыши". Они преследуют его цифровой след, который оставляет зловещие отметки по всей Японии, заставляя подразделение адаптировать тактику и сотрудничать с другими агентствами. Непрерывное преследование подчёркивает приверженность Секции 9 защите общества от размытых угроз продвинутой телесной технологии и киберпреступности.
С 2035 года Секция 9 действует вне обычной юрисдикции, что позволяет ей развертываться и проводить расследования. Их операция разрушила синдикат, использовавший технологию обмена телами для уклонения от правопорядка. Кампания Смеющегося Человека нацелена на финансовые учреждения, манипулируя биометрическими данными и программным обеспечением имплантов для отмывания средств. По мере усиления погонь Арамаки и Кусанаги вынуждены справляться с давлением, сохраняя оперативную тайну в городе сегодня.