При отсутствии майора Мотоко Кусанаги Батоу из Секции 9 получает задание расследовать серию жестоких убийств — по‑видимому, совершенных неисправными гиноидами или секс‑роботами. Однако когда дефектный гиноид оставляет ему загадочное сообщение, он начинает сомневаться в источнике их сбоев. Быстро всплывают обвинения в политически мотивированном убийстве и о бунтующем "призраке", что втягивает Батоу и его союзника Тогуса в опасный лабиринт интриг. По мере углубления расследования границы между человеком и машиной размываются, а реальность смешивается с восприятием. Справляясь со странными и опасными противниками, Батоу и Тогуса перемещаются по близкому будущему ландшафту, наполненному автоматами и живыми куклами, но полностью лишенным человечности в городе, где эмпатия исчезла.