Японский разработанный экзоскафандр Infinite Stratos (IS) предназначен только для пилоток. Его непревзойденная мощь и эффективность на поле боя привели к заключению глобального договора, запрещающего его использовать в качестве обычного оружия.
Когда власти узнают, что 15‑летний Ичика Оримура — единственный мужчина, способный управлять IS, он вынужден поступить в Infinite Stratos Academy — женский пансион, обучающий будущих пилотов IS. Там он воссоединяется со своими детскими товарищами Хоуки Шинононо и Лингйином Хуаном, а также встречает Сесилю Алкотт, британскую связующую с IS.
Под руководством легендарной летчицы Чифю Оримура — строгого учителя и старшей сестры Ичики, трио должно использовать все свои навыки, чтобы защитить себя и свою академию от опасностей, возникающих в течение их захватывающих школьных лет. Их связь испытывается политическими интригами, соперничающими фракциями и надвигающейся угрозой со стороны бунтарского пилота IS, стремящегося к господству. Вместе им необходимо научиться доверять инстинктам друг друга и столкнуться с прошлым.