Appleseed Alpha изображает формирующийся период Дьюнана Кнута и Бриарейоса в 22‑м веке, когда они отправляются по мрачным руинам Нью-Йорка в поисках Олимпа. Два Рога, воеводь, правящий разложенным городом, нанимает их уничтожить двуногие боевые единицы. В ходе борьбы они встречают Айрис и Олсона, которые находятся на отдельном задании. Дьюнан и Бриарейос объединяются с ними и соглашаются присоединиться к их поиску.
Айрис должна остановить зловещего киборга Талоса от захвата скрытого оружия, которое разрабатывает человечество. Талос манипулирует Айрис, заставляя её активировать колоссальную военную машину.
