Appleseed Alphaは、22世紀にデューナン・クヌートとブリアレオスの形成期を描いており、彼らはオリンポスを探しに荒涼としたニューヨークの廃墟を横断する。腐敗した都市を支配する戦争指導者「ツーホーンズ」が彼らを雇い、二足歩行の戦闘ユニットを破壊させる。戦いの最中、彼らは別の任務を抱えるアイリスとオールソンに出会う。デューナンとブリアレオスは彼らと同盟を結び、クエストに参加することに合意する。
アイリスは、人類が開発している秘密兵器を奪おうとする邪悪なサイボーグ・タロスを止めなければならない。タロスはアイリスを操作して巨大戦闘機械を起動させる。
