数百年後、地球の資源は枯渇し、人類の進歩は停滞している。惑星は「ユニット」と呼ばれる自治領域に分割されている。ユニット74では、ハジキ・サナダという少年が母親と妹と共に「ナイトタウン」と呼ばれる地区で暮らしている。この地区では真夜中にすべての電気が遮断される。照明が消えると、住民は安全を確保するために共同ホールに集まる。ハジキの母は技術者として、廃工場から部品を回収している。物語の中心は「GAD」と呼ばれるアーティファクトで、生命体の感情に応じて物質を再構築できる装置である。生成されるサイズや形は、感知された感情ごとに変化する。ハジキが偶然GADを起動すると、それは巨大な機械――テッコウド、すなわち「アイアン・ジャイアント」に変身し、その速い動きから彼はそれを「ライトニング」と名付ける。彼はすぐに、他にもテッコウドを所有する者がいることを知り、それぞれが創造者の感情を反映していると悟る。技術と感情が絡み合う世界で、彼は自分の等しい存在だと感じる者たちに対峙しなければならない。
