月のハイパーゲートが発見されたことで、人類はかつて宇宙の虚空を越えて火星へテレポートできるようになり、移動の扉を開いた。
そこへ移住した者たちは地球より遥かに進んだ技術を発見し、それを「アルドノア」と名付け、新たな世界を再構築した。
この突破口は火星のヴァース帝国の台頭と、地球に残る「テランズ」に対する正式な宣戦布告を引き起こし、惑星規模の紛争を燃え上げた。
しかし月面での衝突―後に「ヘブンズ・フォール」と呼ばれる―がハイパーゲートの爆発を誘い、月は破壊され、両世界は周囲の宇宙を覆う脆弱な停戦に追い込まれた。
その停戦は二惑星間で成立した。
十五年後、イナホ・カイズカはヴァース帝国の王女アッセイルム・ヴァース・アルルシアが、帝国と故郷との関係を修復しようと地球へ旅立った計画的な殺害を目撃する。
停戦は崩れ、火星人は再びテランズに対して敵対行動を開始し、脆弱な平和は破られた。
この圧倒的な敵に直面し、イナホと仲間たちはヴァース帝国に立ち向かい、両世界を脅かす紛争を終結させなければならない。
