残酷な戦争によって引き起こされた広範囲の破壊を経て、オリンピア市は世界最後の砦であり、全世界的な作戦を指揮する司令センターとして浮上した。
アーゴノーツと呼ばれるテロリスト派閥から守るため、元LAPD SWAT官兵デューナン・ノッツは、クローン人間であるバイロイドからなる特殊部隊と、その地域全体の作戦を担当するサイボーグ仲間ブリアレオスを率いている。
ノッツは犠牲を払ってでも市を守る決意だが、死んだと信じられていたアル・セイデスというアーゴノーツのリーダーが再登場し、新たな対立を引き起こすことで挫折に直面する。
