После завершения расследования "Смеющегося человека" Якуко Каябуки, недавно избранный премьер-министр Японии, реактивировала Секцию 9 в стране, сталкивающейся с цифровой уязвимостью, чтобы противостоять продолжающейся угрозе кибертерроризма.
Фракция, назвавшая себя "Индивидуальный одиннадцать", начала осуществлять террористические атаки по всей Японии.
В то время как Мотоко Кусанаги, Дайсуке Арамаки, Батоу и остальные члены Секции 9 исследуют эту новую угрозу, правительство сталкивается с другой чрезвычайной ситуацией: беженцы, убегая от Третьей мировой войны, прибывают в Японию в поисках убежища.
Однако каждый раз, когда отряд спецопераций сталкивается с Гудой Казундо — старшим оперативником Кабинетного разведывательного сервиса, в ходе их преследования, они начинают подозревать, что он может быть соучастником, и что приток беженцев и "Индивидуальный одиннадцать" более взаимосвязаны, чем они сначала думали, в условиях усиливающейся напряженности и растущего общественного страха.
Production I.G Япония