В 2027 году, год после завершения безядерной Четвёртой мировой войны, в Ньюпорт-Сити произошёл взрыв, в результате которого погиб известный оружейник, возможно связанный с загадочной Организацией 501. Офицер общественной безопасности Дайсуке Арамаки привлекает оператора полнотелой киберпротезии и мастера хакеров Мотомоко Кусанаги, чтобы расследовать дело и раскрыть скрытые мотивы.