В 2029 году город Нихама превратился в передовой городской центр. Прогресс в кибернетике позволяет жителям заменять конечности механическими протезами, а глобальная связь усилила роль города в борьбе с коррупцией, терроризмом и другими угрозами под руководством Секции 9 по общественной безопасности.
Майор Мотоко Кусанаги из Секции 9 возглавляет расследование загадочного хакера, прозванного "Мастером куклы", который оставляет жертв без памяти. В эту высокотехнологичную эпоху форма Мастера куклы почти полностью синтетическая, предоставляя огромные возможности в киберпространстве.
В то время как Мотоко и её команда используют нейроинтерфейсные инструменты для отслеживания цифровых следов, другие фракции — включая скрытую Секцию 6 — вмешиваются, добавляя политический интригу и усложняя дело. Её партнёр, кибер‑юрист, предупреждает, что мотивы Мастера куклы могут быть укоренены в радикальном видении постчеловеческого общества.
Расследование заставляет Мотоко столкнуться с размытым границей между машиной и душой, поскольку каждый след раскрывает более глубокие уровни контроля.
Борясь с вопросами идентичности, человеческого усиления и собственного предназначения, Мотоко понимает, что ответы, которые она ищет, находятся в самом Мастере куклы.