アムロ・レイのような戦争英雄が払った犠牲のおかげで、ユニバーサル・センチュリーの105年は苦労して得たが短い平和の時期である。地球連邦は惑星とその近隣軌道植民地に軍事的支配を維持している。チャールズ・アズナブルが無関心な連邦に対する反乱は最終的には失敗したものの、彼が掲げたすべての人類に対する真の自由というビジョンは残っている。
有名な連邦指揮官の息子であるにもかかわらず、ハサウェイ・ノアはアムロ・レイの揺るぎない献身とチャールズ・アズナブルの軍事的熱意を併せ持っている。チャールズの反乱の記憶に苦しみながら、ハサウェイは自らの異端者グループ『マフティ』を率いる。『マフティ・ナヴェー・エリン』という身元で、連邦の増大する抑圧に対して暴力行為を実行する。
違法にマフティと称して航空機を乗っ取ろうとしたテロリスト小隊を止めた後、ハサウェイの秘密の身分はギジ・アンダルシアという若い女性に発覚する。彼はギジと連邦大佐ケネス・スレッグの両方と友情を結ぶが、彼の二重生活はマフティと連邦の衝突がクライマックスに達するにつれて彼らを危険にさらす。
